18世紀後半、日本沿岸に外国船が頻繁に近づくようになりました。ロシアの南下政策の影響もあり接触が避けられないものとなりました。ロシアとの関係の悪化が進み、江戸幕府は享和2年(1802)に蝦夷奉行所(同年に箱館奉行所に改称)を設置しました。しかし、文政4年(1832)幕府は財政難などの理由から、奉行所を閉鎖しました。その後、嘉永6年(1853)ペリーが函館を去った翌月、34年ぶりに箱館奉行所を復活させました。再設置された奉行所の主な業務は、開港に伴う諸外国との外交交渉、箱館を中心とした蝦夷地の統治、海岸防備でした。
館内は見学ゾーン・歴史発見ゾーン・映像シアター・建築復活ゾーンなどいくつかのゾーンに分かれています。あった当時の時代を体感し、歴史や復元に至るまでの過程などを視覚的に工夫された資料から読み取ることができます。また奉行所の外には、平面表示された遺構や説明板が設置されており、当時の奉行所を想像し楽しむこともできます。
函館1泊2日弾丸旅行中で、2日目帰るまでの午前中3時間で利用しました。函館は坂エリアに見どころがあるのと、道路が東京に比べて広く大きいので歩く距離を考えるとタクシーは楽でしたし、運転手さんも親切で気持ちよく観光出来ました。