その歴史は、1933年3月にビール工場を改築して政治犯の留置場としたことから始まりました。1936年7月から本格的な強制収容所にするための建設が開始され、8月には初代所長としてカール・オットー・コッホが赴任。またこの年にはベルリンで夏季オリンピックが開催されました。

20万人以上の人がここに収容され、約5万人もの人が虐殺されました。人種策略のために収容されたアウシュヴィッツ=ビルケナウ収容所と違い、ザクセンハウゼンの犠牲者は政治犯がほとんどでしたが、後にユダヤ人や各地の占領地で逮捕した者も続々と送り込まれて、その数は急増しました。最終的にザクセンハウゼンへ連れてこられた人の総計は20か国20万人を超えるといいます。