江戸時代、長崎奉行所立山役所が置かれていた場所に建物を復元し、現代的な博物館としての機能も共存させたユニークな博物館です。近世長崎の歴史文化に関わる古文書や歴史資料など、多数の貴重な資料を一堂に集め、「海外交流史」をテーマとした博物館です。奉行所関係資料をはじめとする国指定重要文化財を含む豊富な資料を基に、長崎ならではの歴史の流れを身近に学ぶことができます。